Eu tive o mesmo tipo de problema com o apt-get update:
-PC:~$ sudo apt-get update
Ign cdrom://Ubuntu 11.10 _Oneiric Ocelot_ - Release amd64 (20111012) dists/oneiric/main/binary-i386/ InRelease
Ign cdrom://Ubuntu 11.10 _Oneiric Ocelot_ - Release amd64 (20111012) dists/oneiric/main/binary-i386/ Release.gpg
Ign cdrom://Ubuntu 11.10 _Oneiric Ocelot_ - Release amd64 (20111012) dists/oneiric/main/binary-i386/ Release
Err cdrom://Ubuntu 11.10 _Oneiric Ocelot_ - Release amd64 (20111012) dists/oneiric/main/binary-i386/ Packages
Please use apt-cdrom to make this CD-ROM recognized by APT. apt-get update cannot be used to add new CD-ROMs
Ign cdrom://Ubuntu 11.10 _Oneiric Ocelot_ - Release amd64 (20111012) dists/oneiric/main/binary-i386/ Translation-en_US
.
.
.
Hit http://mirrors.nic.funet.fi oneiric-security/universe Translation-en
W: Failed to fetch cdrom://Ubuntu 11.10 _Oneiric Ocelot_ - Release amd64 (20111012)/dists/oneiric/main/binary-i386/Packages Please use apt-cdrom to make this CD-ROM recognized by APT. apt-get update cannot be used to add new CD-ROMs
E: Alguns arquivos de índice não foram baixados. Eles foram ignorados, ou os antigos foram usados em seu lugar.
Eu obtive esse E: Some index files failed to download. They have been ignored, or old ones used instead.
-problem resolvido removendo a linha deb cdrom:[Ubuntu 11.10 _Oneiric Ocelot_ - Release amd64 (20111012)]/ dists/oneiric/main/binary-i386/
do arquivo /etc/apt/sources.list
.
Primeiro eu tentei remover cd-rom-thing das configurações do gerenciador de atualização, porque parecia ser motivo para erro e geralmente propunha consertar o problema, mas isso não ajudou, então achei a dependência de cd-rom dessas fontes. list-file, removido e apt-get update
funciona novamente bem!