Abra a ferramenta tweak e clique em "Desktop" e na primeira linha deve haver a opção "Faça com que o gerenciador de arquivos gerencie a área de trabalho" e verifique se está definido como "on" em vez de "off". Se isso não funcionar, talvez seja necessário definir manualmente o ícone dos programas na área de trabalho. Isso você pode alcançar indo para a sua área de trabalho no gerenciador de arquivos e clicando com o botão direito e selecionando propriedades. Em seguida, basta clicar no ícone do ícone da área de trabalho e ir a partir daí para selecionar um novo ícone.