Você provavelmente não atualizou o GRUB depois de instalar seu novo kernel. Tente executar:
$ update-grub
$ grub-install /dev/sda
Substitua "sda" pelo disco apropriado se o grub não estiver instalado no MBR do seu primeiro disco rígido.
Eu tenho um problema com o dual-boot do Windows 7 e Ubuntu no meu computador. Quando escolhi o Ubuntu, aparece outra opção que me permite escolher uma versão do kernel. No entanto, o kernel que acabei de instalar não está nesta lista.
Versão na lista: 3.5.2 Versão instalada atualizada: 3.5.3
Você provavelmente não atualizou o GRUB depois de instalar seu novo kernel. Tente executar:
$ update-grub
$ grub-install /dev/sda
Substitua "sda" pelo disco apropriado se o grub não estiver instalado no MBR do seu primeiro disco rígido.