Geralmente, o ícone é parte do tema e geralmente deve ser o mesmo ícone definido no arquivo .desktop. No entanto, isso realmente depende do aplicativo. Em muitos casos, não haverá necessariamente um arquivo no sistema de arquivos com o ícone, pois o ícone será incorporado ao próprio aplicativo.
Portanto, depende do que o aplicativo está fazendo nesse caso, pois há várias maneiras de definir os ícones da barra de título para suas janelas.