Eu recomendaria o método sugerido por Tom Brossman no comentário acima.
Crie duas partições na sua unidade, uma para o Ubuntu e outra para os seus dados (NTFS). Você pode criar uma terceira partição de 2 a 4Gb para Swap, se desejar (recomendado).
Quando você conectá-lo em uma máquina Windows, o sistema operacional reconhecerá a partição NTFS e a montará normalmente, ignorando a partição ext4 para o Ubuntu e a partição Swap, se houver uma.