Do que eu li, o desktop 3D do Ubuntu às vezes causa problemas com o Minecraft. Você poderia tentar entrar com unidade 2d em vez disso e ver se isso melhora seus problemas. Embora eu não tenha certeza do que você quer dizer com "atrasos". Como não tenho a tela preta dos problemas de morte, presumo que você esteja usando a versão 1.3 do minecraft. Isso deve funcionar bem com o RAM alocado e não deve ter a necessidade de instalar manualmente a Biblioteca de jogos Java leve e atualizada.
Para responder à sua pergunta
-Xmx define a memória máxima e Xms define a memória mínima
java -Xmx2096M -Xms1048M -cp minecraft.jar net.minecraft.LauncherFrame
alterando 2096M e 1048M para as quantidades desejadas