Estou tentando instalar o Ubuntu 12.4.1 no desktop, mas na mesma unidade em que já instalei o windows usando o instalador do Ubuntu. Por isso, quero garantir que isso não prejudique meu sistema operacional e os arquivos associados.
Como você disse que está usando o instalador do Windows (WUBI), não precisa se preocupar com a instalação do Windows. O Ubuntu será instalado em uma unidade virtual (um arquivo com todos os arquivos do ubuntu) e não prejudicará a instalação do Windows.
É possível, mas certifique-se de ter uma partição separada (pelo menos <5 h