Eu tive esse problema com alguns programas. Minha resposta foi dar ao fluxbox mais tempo para se carregar. Não tenho certeza se o raciocínio está correto, mas funcionou antes = P
Crie um script chamado skype-loader
da seguinte forma:
#! /bin/bash
sleep 10
skype
depois, chame-o no arquivo de inicialização do fluxbox
batti &
/some/path/skype-loader &