Finalmente, consegui que funcionasse como queria.
Para cada espelho local, você precisa adicionar uma linha como esta:
Acquire::http::proxy::local.mirror.address "DIRECT";
Então, em /etc/apt/apt.conf eu tenho algo como:
Acquire::http::Proxy "http://yourproxyaddress:proxyport";
Acquire::http::proxy::local.mirror.address "DIRECT";
Acquire::https::Proxy "http://yourproxyaddress:proxyport";
Acquire::ftp::Proxy "http://yourproxyaddress:proxyport";
Acquire::socks::Proxy "http://yourproxyaddress:proxyport";
Dessa forma, posso usar nosso proxy da web para repositórios externos / externos e poder usar nosso espelho de repositório local sem um proxy da web.