Então você não criou pacotes .deb, estou certo? Porque se você criou, basta instalar os pacotes e atualizar-grub e deve ficar bem.
Você pode atualizar o grub com o comando abaixo (no terminal)
sudo update-grub
Ou então dê uma olhada aqui: BodhiZazen.com - tutoriais - Kernel compile / install.