Eu tive um problema semelhante no HDA DX79SI, o applet gnome-settings na barra de ferramentas parece não fazer nada além de estragar o som.
Acho que o alsamixer faz um trabalho muito melhor. Não é uma correção, mas para mim, pelo menos, é uma solução alternativa para que eu possa ter uma maneira de assistir a filmes com som surround 5.1.