Eu acho que colocaria o diretório / home no SSD, mas para a maioria dos diretórios, especialmente aqueles com arquivos grandes, eu simplesmente teria um link simbólico para o que contém os arquivos.
Dessa forma, você pode manter suas configurações e o cache do navegador, etc. no SSD, mas colocar as imagens, sons, documentos, etc. em qualquer disco que desejar, que pode ser facilmente alterado alterando os links.
Para fazer um backup, você pode optar por seguir os links simbólicos, se desejar. Eu uso o sbackup (backup simples) e tenho perfis separados para diretórios principais e, portanto, cada perfil pode escolher se deseja seguir links simbólicos ou não.
Editar: By the way, um pouco mais complexo e mais difícil de manter, mas possivelmente mais fácil de usar método (em que você não tem que prestar atenção para onde os programas salvam arquivos por padrão) seria montar os vários documentos ou pastas de mídia ou partições nos subdiretórios / home, para que os programas que desejem salvar automaticamente as imagens em / home / Pictures os salvem lá, mas serão salvos no local externo.