Sim, parece ser um bug no VirtualBox; isso só ocorre quando você está usando o hardware do Unity acelerado. Se na tela de login você escolher "Ubuntu 2D", o menu ficará visível novamente.
O menu parece estar desenhado sob a janela 3D acelerada - se você tiver multimonitor em um host Windows, verá que a barra de tarefas do Windows também não aparece se você mudar o foco para outra janela enquanto deixa o VirtualBox em modo de tela cheia no monitor principal.
Não tenho certeza se o bug está no VirtualBox ou nos drivers de exibição do host.