Instalar o Gnome 3 (Unity e Gnome Shell) e o KDE resultará em software de ambos os ambientes no Menu, como o Unity dash e a grade de aplicativos do Gnome Shell, assim como o Software Gnome aparecerá nos menus do KDE.
O software GTK provavelmente não parecerá ruim no KDE e vice-versa, para remediar que você deve usar o tema oxygen-gtk para o software GTK no KDE e usar qt4-qtconfig para o software tema K sob o Gnome 3.
Nada vai frear, não que eu saiba. Quando você instalar um dos dois, será perguntado qual o Display Manager que você deseja usar (GDM ou KDM ou LightDM).
Além disso, o pacote vanilla do Ubuntu, que contém a unidade, é chamado de ubuntu-desktop , o do gnome baunilha é gnome e o baunilha do KDE é kde-full , diferente do pacote kubuntu-desktop .