Na instalação do wubi: sudo chmod -x /etc/grub.d/30_os-prober
. Então sudo update-grub
Estou surpreso que o Windows XP apareça no menu grub do Wubi - ele deve ser suprimido (talvez seja apenas para o Vista / 7). Mas em qualquer caso, se você desativar o 30_os-prober, ele não encontrará nenhum outro sistema operacional e suprimirá o menu do grub por padrão.
A desinstalação do Wubi não terá nenhum efeito na instalação do Linux (e na instalação do grub).