Sim, você pode fazer isso facilmente.
A maneira mais fácil é primeiro instalar o Windows em uma unidade e fazê-lo funcionar. Em seguida, instale o Ubuntu com essa unidade presente, mas escolha o segundo disco rígido (provavelmente sdb), usando a unidade inteira como uma partição (sdb1). A instalação detectará automaticamente o sistema operacional Windows na primeira unidade (sda) e criará um menu de inicialização dupla (usando o GRUB).