Está absolutamente correto que exista mais de uma partição na seção estendida do disco rígido. Você provavelmente deveria ler algo sobre particionamento de disco para ter a idéia.
Existem no entanto coisas a considerar. Por exemplo, o Windows só pode instalar em uma partição primária, mas como você vê, o Linux não exige isso, então você deve ficar bem.