Paul, acredito que sua melhor maneira é instalar o Windows primeiro depois de formatar o disco completo. Ao instalar o Windows, certifique-se de criar pelo menos duas partições, uma na qual o sistema operacional Windows será executado e a outra na qual você instalará o Ubuntu.
Uma vez feito isso, use o cd do Ubuntu para instalar o seu sistema operacional Ubuntu na partição que não está mantendo a instalação do Windows. Certifique-se de escolher a opção personalizada quando os esquemas de particionamento forem exibidos. Espero que isso ajude sua causa.