Eu não acho que isso seja possível, eu tentei fazer isso com o xmodmap. O xmodmap aparentemente não pode pegar o Fn, então tentei as opções ctrl e ctrl-shift.
Você pode ver o comportamento atual do BackSpace usando
xmodmap -pke | grep BackSpace
e a saída é
keycode 22 = BackSpace BackSpace BackSpace BackSpace
os diferentes valores correspondem aos diferentes modificadores:
1st: no modifier
2nd: shift
3rd: ctrl
4th: ctrl-shift
Então gostaríamos de alterar o 3º ou o 4º valor, podemos fazer isso executando
xmodmap -e "keycode 22 = BackSpace BackSpace Delete BackSpace"
ou
xmodmap -e "keycode 22 = BackSpace BackSpace BackSpace Delete"
respectivamente, mas infelizmente isso não funciona para mim. Eu acho que esses valores são sobrescritos em um nível mais profundo e tanto o ctrl-backspace quanto o ctrl-shift-backspace ainda apagam uma palavra para trás.
Então eu acho que você está preso apenas usando a tecla delete ...