Eu não sei qual processo normalmente define essas variáveis no ambiente, mas quando as defino na minha inicialização, os erros da minha pergunta desaparecem:
XDG_CONFIG_DIRS=/etc/xdg/xdg-gnome:/etc/xdg
XDG_DATA_DIRS=/usr/share/gnome:/usr/local/share/:/usr/share/
export XDG_CONFIG_DIRS XDG_DATA_DIRS
Ainda estou recebendo esses avisos no tempo de execução do aplicativo:
/usr/lib/python2.7/dist-packages/gi/overrides/Gtk.py:391: Warning: g_object_set_property: construct property "type" for object 'Window' can't be set after construction
Gtk.Window.__init__(self, type=type, **kwds)
/usr/lib/python2.7/dist-packages/gi/overrides/Gtk.py:391: Warning: g_object_set_property: construct property "type" for object 'FooWindow' can't be set after construction
Gtk.Window.__init__(self, type=type, **kwds)