Tenho certeza de que esse é um problema de codificação. Seu terminal provavelmente está em UTF-8 e o arquivo é ISO. Este é um novo problema já em 16.04, eu acho que pode acontecer em 15.04 também, mas posso confirmar que isso não acontece em 12.04.
Tente verificar seu terminal onde você está executando o comando "locale". e você deve ter algo assim:
$ locale
LANG=en_US.UTF-8
LANGUAGE=en_US
LC_CTYPE="en_US.UTF-8"
LC_NUMERIC="en_US.UTF-8"
LC_TIME="en_US.UTF-8"
LC_COLLATE="en_US.UTF-8"
LC_MONETARY="en_US.UTF-8"
LC_MESSAGES="en_US.UTF-8"
LC_PAPER="en_US.UTF-8"
LC_NAME="en_US.UTF-8"
LC_ADDRESS="en_US.UTF-8"
LC_TELEPHONE="en_US.UTF-8"
LC_MEASUREMENT="en_US.UTF-8"
LC_IDENTIFICATION="en_US.UTF-8"
LC_ALL=
Em seguida, digite "arquivo" para cada um dos seus arquivos e verifique se eles correspondem ao seu terminal.
Em uma nota lateral, tenho tido vários problemas de codificação entre UTF-8 e ISO que realmente nunca deveriam acontecer em 16.04.
O que funcionou para mim foi executar o iconv em cada arquivo:
iconv -f ISO-8859-15 -t UTF-8 file_1.txt >file_1.tmp;
iconv -f ISO-8859-15 -t UTF-8 file_2.txt >file2.tmp;
mv file_1.tmp file_1.txt;
mv file_2.tmp file_2.txt;
meld file_1 file_2