Você tem duas opções aqui.
A opção de configuração Queue-Mode
O padrão, "host", cria uma conexão de saída para cada host. Se você configurá-lo para "acessar", ele criará uma conexão por tipo de URI (que eu entendo dizer, uma para http, uma para ftp e assim por diante - já que a maioria das conexões é http, isso significa que acessará cada servidor sequencialmente ).
Uma maneira de fazer isso que também se aplica ao update-manager é:
echo 'Acquire::Queue-Mode "access";' >/etc/apt/apt.conf.d/75download
se você quiser tentar com o apt-get uma vez para ver se ajuda:
apt-get -o Acquire::Queue-mode=access update
A opção Acquire::http::Dl-Limit
Isto é similarmente para reduzir a largura de banda usada para algo que sua conexão pode manipular (e de acordo com a manpage, "esta opção implícita desativa o download de vários servidores ao mesmo tempo").
echo 'Acquire::http::Dl-Limit "70";' >/etc/apt/apt.conf.d/75download
ou
apt-get -o Acquire::http::Dl-Limit=70 update