Os scripts de inicialização e desligamento geralmente são armazenados em /etc/init.d
Quando o seu script estiver no local correto, execute os seguintes comandos
chmod + x /etc/init.d/myscript
padrões default do update-rc.d
Verifique se o seu script consegue iniciar corretamente com o comando
/etc/init.d/myscript start