Aqui está um arquivo da área de trabalho que eu escrevi. Cole-o em um arquivo chamado Java.desktop em ~/.local/share/applications
:
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Name=Java (Jar)
Exec=java -jar %u
Type=Application
Terminal=true
MimeType=application/x-java-archive
Se a pasta não existir, você poderá criá-la da seguinte maneira:
mkdir -p ~/.local/share/applications