Eu posso confirmar, é muito chato.
Isso foi relatado como um bug # 827414 há alguns meses e foi corrigido em 12.04 (Preciso), não sei se haverá backport para 11,10 (onírico).
Você pode usar uma solução alternativa muito simples: execute gedit
sempre com a opção de linha de comando --standalone
. Aqui está o meu script para isso, é um pouco adaptado do comentário :
$ sudo mv /usr/bin/gedit /usr/bin/gedit.bin
$ sudo bash -c 'echo -e "#"\!"/bin/bash\n/usr/bin/gedit.bin --standalone \"\$@\"" >/usr/bin/gedit'
$ sudo chmod 755 /usr/bin/gedit
Espero que isso ajude.