O firewall linux é na verdade um recurso do kernel, e firestarter / etc são essencialmente apenas ferramentas de configuração gráfica. Portanto, contanto que o firestarter esteja salvando sua configuração, essas regras devem ser ativadas na inicialização. link
No entanto, provavelmente você está perguntando sobre como obter um ícone da bandeja do sistema, que é coberto pela FAQ do firestarter: link