Sim, você pode. Basta escolher essa partição ao instalar o Ubuntu.
Eu tenho um HDD, que tem 3 partições NTFS lógicas . Eu uso este disco rígido apenas para armazenamento, porque eu tenho um SSD para o disco de inicialização.
Agora, entre as 3 partições lógicas, tenho algum espaço livre não alocado no HDD:
Vou estender o espaço livre para aproximadamente ~ 10GB. A pergunta: poderei instalar o Ubuntu no espaço livre, sem afetar as partições NTFS ?
Sim, você pode. Basta escolher essa partição ao instalar o Ubuntu.