Este é provavelmente um problema de permissões. Para verificar, execute o comando sudo ls -la em uma pasta que tenha arquivos do Windows. Você deve ver seus arquivos ausentes. (O comando sudo usa a conta "super usuário", que tem autoridade para quase tudo.)
Se assim for, o problema é que o samba não está atribuindo as permissões padrão corretas para novos arquivos. Existe uma configuração em smb.conf que define as permissões padrão para novos arquivos.