Eu tenho o mesmo problema com as duas impressoras Brother: HL-5370DW e MFC-6490CW.
Esse problema é reconhecido na FAQ da Brother, mas ainda não há resolução:
que sugere que o problema não é específico da impressora.
Instalei recentemente o Ubuntu 12.04 e tenho um problema com a impressão da minha impressora HP fora do centro. Todos os aplicativos que eu usei no LibreOffice e no aplicativo PDF, ambas as páginas impressas com as margens esquerda e superior foram interrompidas. Isso me leva a acreditar que isso pode ser um problema de driver de impressora. Alguém mais está tendo esse problema ou sabe como corrigi-lo?