Isso é controlado pelas configurações do Gerenciador do Windows em relação ao foco.
No Xfce (que eu uso), vá para Configurações, Configurações do Xfce, Windows Manager Tweaks e clique na aba Foco. Certifique-se de que "Evitar o roubo de foco" esteja desativado e "Honre a dica de foco padrão do ICCCM" esteja ativado.
Se você usar outro Gerenciador do Windows, poderá encontrar configurações de foco semelhantes em algum lugar.