Exatamente a mesma coisa que aconteceu comigo depois de uma atualização / atualização: o Avplay funcionava bem, mas o vlc era irregular e distorcido.
Não tenho certeza se é relevante, mas meu Ubuntu é 12.04 EXTIX x64 está sendo executado em um convidado do VirtualBox.
Eu encontrei uma solução dentro, VLC, alterando Ferramentas - > Preferências - > Vídeo - > saída de "Default" para "X11 Video Output (XCB)". Isso corrigiu o problema para mim.
Espero que isso ajude.
Boas jornadas, Brad