Eu encontrei uma solução para o problema, veja: link
Precisamos executar o seguinte comando no terminal:
gconftool-2 --set --type string /apps/metacity/general/mouse_button_modifier '<Super>'
Estou usando o 12.04 com o Gnome 3.
Super + Alt + Clicar com o botão direito funciona no Gnome Classic. No entanto, Alt + Clique em não funciona no Gnome Panel.
Normalmente, é necessário criar uma maneira de personalizar o painel.