Por padrão, o wubi removerá a instalação existente antes de instalar a segunda.
O melhor que você pode fazer é instalar o Kubuntu dentro do seu Ubuntu e depois escolher o login que deseja usar.
Se você achar que não há espaço suficiente, é possível aumentar o tamanho do disco wubi - link
Procure por kubuntu-desktop no Centro de Software ou, se desejar, a partir de um terminal, o comando é
sudo apt-get install kubuntu-desktop
Você acabará com várias entradas nos seus menus.
Se você deseja remover o kubuntu, você pode encontrar detalhes aqui - certifique-se de usar a versão correta
Guia Wubi - link