Isso é um pouco estranho, eu arquivei como um relatório de bug, mas não tenho idéia de onde ele pertence.
Basicamente, se eu focar uma janela como Empathy, ou XChat (ou qualquer outra aplicação GTK que tenha uma caixa de entrada de texto) sem selecionar sua caixa de entrada de texto, recebo uma pequena janela de entrada de texto flutuante Eu percebo e seleciono manualmente a caixa correta). Eu não tenho idéia do que está causando isso, mas está se tornando realmente, muito chato.
Como faço para parar?
Não tenho certeza se é sobre isso que você está falando, mas:
Por exemplo, no nautilus, essa caixa é um recurso normal. Quando você não tem foco em nenhum item e começa a escrever cartas, aparece uma dessas caixas. É para procurar itens. Tente escrever duas primeiras letras de algum item que você tenha na sua lista Empathy. Como 'jo' e pressione enter. Em seguida, deve marcar, por exemplo, o nome John. Se foi isso que aconteceu, é uma característica normal.