Os plug-ins de codelite disponíveis nos repositórios do Ubuntu são mais antigos que a versão de codelite que você baixou da página deles. Então você não pode ter ambos instalados ao mesmo tempo usando o gerenciador de pacotes.
A boa notícia é que (em uma verificação superficial) todos os plugins disponíveis no deb codelite-plugins do Ubuntu, parece estar incluído no deb de codelite disponível na página oficial da codelite.
Observe que o uso da versão dos repositórios tem algumas vantagens, como atualizações automáticas.
A resposta curta: Não, você não pode misturar os pacotes de codelite do Ubuntu com os pacotes oficiais.