Você não deve usar "make install". Use o checkinstall em seu lugar. Isso cria um pacote deb primeiro para que você possa desinstalar facilmente depois.
Meu palpite é que você o instalou em um diretório que não está em seu caminho. Você precisará verificar a documentação para isso e adicioná-lo ao seu caminho manualmente. A propósito; O ipython3 está no Precise, então quando você atualizar, você poderá simplesmente obtê-lo.