Eu tenho usado vários monitores há anos em várias plataformas (debian, ubuntu, gentoo e fedora) com nvidia e ati. Desde que a placa gráfica seja compatível, nunca tive nenhum grande problema em usar resoluções diferentes para monitores diferentes.
Os problemas menores são com imagens de fundo que abrangem mais de um monitor, mas agora eu normalmente configuro a imagem de fundo com nitrogênio, e desde que eu não abranja a imagem em vários monitores, não há problema.
Você está tendo um problema com 12.04?