O fato de a sua pasta pessoal estar ou não criptografada não deve afetar sua perda de dados de uma forma ou de outra. No entanto, ter um diretório inicial criptografado dificulta muito a recuperação de dados de um Live CD. Se você perder a senha que obteve depois de instalar o Ubuntu, que permite descriptografar o diretório, suas chances de obter dados da pasta são quase nulas. Portanto, é bom sempre fazer backup com frequência. O Ubuntu 11.10 vem com um utilitário de backup embutido, suportando backup para um servidor Ftp, disco rígido externo, Ubuntu One, etc. O EcryptFs grava os dados diretamente no disco, e não deve haver nenhum problema de perda de dados.