Se você não se importar em não ser capaz de hibernar, você pode simplesmente configurar uma troca criptografada e nunca mais ter que se preocupar com o conteúdo da sua partição swap novamente. Sua troca será criptografada com uma chave que é gerada aleatoriamente em cada inicialização. A chave é mantida apenas na RAM. Uma vez que o poder vá, sua partição swap terá efetivamente lixo aleatório que ninguém (incluindo você) poderá descriptografar.
A maneira mais fácil de ativá-lo é:
sudo ecryptfs-setup-swap
Veja a página de manual para um pouco mais de detalhes. Faz parte do pacote ecryptfs-utils.