Você acabou de estragar o MBR do Windows. Basta tentar colocar uma janela de DVD ou USB (configuração de janela sobre ele) e iniciar um reparo do sistema e corrigir o MBR do Windows pelo comando no reparo do sistema:
c:\>bootrec /fixmbr
este comando também funcionou para eu recuperar o Windows:
c:\>bootrec /fixboot
Depois disso, você precisa reinstalar o carregador do grub. Apenas tente um live CD do Ubuntu e abra o terminal e escreva:
mount /dev/your_boot_partiton /boot
grub-install --root-directory /boot /dev/hda
Agora você pode inicializar o sistema operacional corretamente. Para mim funcionou bem.
EDIT:
Você pode visualizar suas partições do windows no linux como fdisk-l e listar as partições ntfs.
No windows, semelhante pode ser alcançado por
x:\>diskpart.exe
diskpart>select disk 0
diskpart>list volume
e de lá você pode conhecer a partição da janela