No Debian e no Ubuntu, o CPAN ( /usr/bin/cpan
utility) instala os módulos em /usr/local/lib/
por padrão. E os pacotes debian mantêm seus arquivos em /usr/share/perl5/
e /usr/lib/perl5/
. Portanto, arquivos instalados via /usr/bin/cpan
não sobrescreverão arquivos instalados via apt.
Não há nada de errado com o uso do sistema perl, e a mistura dos códigos apt e cpan geralmente funcionará.
Você também pode escolher empacotar qualquer distribuição cpan não disponível em seus repositórios apt manualmente. É fácil com a ajuda da ferramenta dh-make-perl:
dh-make-perl --cpan Some::Module && cd Some-Module* && sudo debi