Eu gosto de usar o mpeg2video para gravar screencasts porque ele consome menos CPU. Depois eu converto para vídeo MPEG4 (não x264) com áudio FAAC porque eu acho que esses codecs funcionam bem com todos os editores de vídeo do Linux.
Para ter certeza de que você tem todos os codecs que você precisa instalar: sudo apt-get instala o ffmpeg libavcodec-extra-53 libfaac0
Você pode usar este comando para converter vídeos para o formato de edição: ffmpeg -i in.ogv -vcodec mpeg4 -acodec libfaac-samq out.mp4