Não é tão fácil fazer isso e você deve saber exatamente o que está fazendo. Escrever um conjunto de instruções passo a passo aqui é quase impossível, mas há bons Como-Fazer oficiais:
É relativamente fácil criptografar sua pasta pessoal, se você liberar uma partição, então você pode mover seus dados para a nova "partição criptografada" e depois montar essa nova partição usando o arquivo fstab. Criptografar a instalação do wohle ubuntu requer muita experiência e deve ser feito com cuidado.