Para deixar claro:
% bl0ck_qu0te%Você quer dizer que se anteriormente você tinha uma imagem chamada a.jpg no caminho: /home/username/a.jpg, ela desapareceu. Enquanto estava em: /home/username/directory/a.jpg, ainda está lá?
Outra coisa que gostaria que você verificasse é Você alterou seu nome de usuário da instalação anterior. Se for esse o caso, então você / home deve ter duas pastas, uma com o nome de usuário anterior (mantendo todos os dados) e outra com o novo nome de usuário (com nova inicialização).
Estou apenas assumindo as coisas porque não consegui entender a pergunta corretamente.