De minha própria experiência, você deve primeiro configurá-lo ao seu gosto usando sua própria conta e testando-o manualmente a partir da linha de comando.
Quando você tiver tudo configurado, deverá copiar o arquivo ~/.mediatomb/config.xml
para a localidade global (que é lida pelo serviço mediatomb durante a inicialização) /etc/mediatomb/config.xml
.
Não tenho certeza, mas talvez seja necessário corrigir as permissões para que a mediatomb possa ler (gravar?) na sua pasta pessoal ou onde quer que estejam seus arquivos de mídia.