Eu tive esse problema ontem mesmo. Eu removi todos os meus plugins nautilus, pensando que era o problema - mas parecia não ser.
No final, acabei percebendo que o Desktop foi desativado todos juntos. Se você tiver a ferramenta GNOME-Tweak ou o Ubuntu-Tweak instalado, ative novamente a opção para exibir os ícones da área de trabalho e seu papel de parede da área de trabalho retornará.
Deixe-me saber se você precisar de mais ajuda nos comentários.