Estou usando o Skype no Empathy graças ao telepathy-haze e ao pidgin-skype. Eu também adicionei MSN, Jabber (Gtalk) e Facebook. Quando eu vinculo contatos do MSN, Gtalk e Facebook, não há problema, mas se eu incluir um contato do Skype, nada acontece ou o Empathy falha e, depois de reiniciar, vejo que o contato do Skype nunca foi vinculado.
O fato de o Skype não ter suporte nativamente na Telepathy é um problema para vincular?
Sim, provavelmente isso se deve ao uso de um protocolo não suportado no Empathy
Para confirmar isso, você pode testar Adicionando o contato no Pidgin, e se ele ainda falhar, relate um bug no binário pidgin-skype
Veja mais sobre Como faço para relatar um bug?