Honestamente soa como um BIOS com bugs para mim.
Eles podem estar mudando a forma como o subsistema ACPI funciona ou algo com IRQs, ou eles podem ter mexido com qualquer outro acrônimo de 2 a 4 letras. É impossível dizer da sua pergunta. Se eles testarem apenas o Windows, isso pode desestabilizar outros sistemas que dependem de coisas que funcionam de acordo com um padrão.
Eu sugiro que você fique com o que funciona melhor e relate um bug para o fabricante da sua placa-mãe.
Se você quiser brincar, pode tentar adicionar coisas como nomodeset
ou noapic
e outras coisas até o final da sua seqüência de inicialização. Estes basicamente dizem ao Linux o que ele pode e não pode usar do computador, então, se houver um bug no APIC da sua placa-mãe, você pode contorná-lo.