Não faz diferença. O Wubi usa um disco virtual e pode ser armazenado em qualquer partição. Se você tiver mais espaço em uma partição, talvez seja mais conveniente usá-la. Mas não há exigência ou diferença entre um ou outro. Observe que o espaço máximo que você pode usar para o Wubi é de 30 GB.
Informação adicional: Isso pode não se aplicar a você, se todas as suas partições forem NTFS, mas o 11.10 Wubi não suporta uma instalação standalone (usando apenas wubi.exe) em uma partição FAT32 no momento (veja este bug ). Se você tem uma partição FAT32, então você deve instalar usando uma ISO do CD Desktop baixada ou usar sua partição NTFS, pois há um limite de tamanho de 4GB nos sistemas de arquivos FAT32.