Vá até o menu "Lugares" e clique em "Conectar ao servidor". Selecione o tipo certo de servidor FTP (público ou privado) e clique em Conectar. De lá, é arrastar e soltar.
Se você precisar da linha de comando, faça o acima e, em seguida, no seu terminal, procure em ~/.gvfs/
. O servidor FTP é montado como um subdiretório lá.